Do ano 1241, é o Liber Census Daniæ, o primeiro documento que fai referencia á vila de Rapla por vez primeira, e aparece como Rapal.[1] A finais dese mesmo século foi cando se construíu a igrexa de María Magdalena, cuxo edificio actual, de nova construción, foi rematado no 1901.
Vídeo con dron de Rapla e o seu edificio octogonal KEK en 2021.
Tanto a vila como a igrexa, orixinalmente, pertencían ao señorío de Alu.[2] Posteriormente, no 1478, pasou a depender do mosteiro de Padise. Non foi até 1705, que Alu e Rapla se separaron, formando unidades administrativas diferentes.[3] A cidade orixinouse arredor dunha casa señorial, da que non queda ningún edificio na actualidade.[4]
A mediados do século XIX, comezou un período de crecemento para Rapla cando, en 1866, se abre unha farmacia; no 1868, unha escola e no 1893, unha estación para dilixencias de correo. A partir de 1900, o concello beneficiouse da creación da liña de ferrocarril de vía estreita que unía Talín e Viljandi, e pasou a haber unha estación en Rapla. Durante este período, se estableceron preto de Rapla, unha fábrica de ladrillos e outra de refrescos.[2] Así e todo, a liña durou pouco tempo (1931-1968) pois foi pechada a finais da década dos anos 60.
No 1945, Rapla, dentro da República Socialista Soviética de Estonia obtivo a categoría de pequeno concello (alevik en estoniano). Finalmente, no 1993, obtivo os dereitos de cidade (vald, en estoniano) e no 2002, a cidade máis o concello rural circundante se fusionaron.[3]
O principal monumento de Rapla é a igrexa de María Magdalena, de culto evanxélicoluterano, e destaca polas súas grandes dimensións, ten unha capacidade de 3.000 persoas, o que a converte na igrexa máis grande de Estonia e conta con dúas torres na fachada.[8] Foi construída en 1901, en estilo neorrománico por Rudolf von Engelhardt.[9]