PRPF6

PRPF6
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	3JCR
Ідентифікатори
Символи	PRPF6, ANT-1, ANT1, C20orf14, Prp6, RP60, SNRNP102, TOM, U5-102K, hPrp6, pre-mRNA processing factor 6
Зовнішні ІД	OMIM: 613979 MGI: 1922946 HomoloGene: 5368 GeneCards: PRPF6
Пов'язані генетичні захворювання
	retinitis pigmentosa 60
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001105 transcription coactivator activity; • GO:0001948, GO:0016582 зв’язування з білками плазми; • androgen receptor binding; • зв'язування з РНК; • ribonucleoprotein complex binding;
Клітинна компонента	• U4/U6 x U5 tri-snRNP complex; • catalytic step 2 spliceosome; • мембрана; • U5 snRNP; • spliceosomal complex; • клітинне ядро; • нуклеоплазма; • nuclear speck; • U2-type precatalytic spliceosome;
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome; • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing; • spliceosomal tri-snRNP complex assembly; • RNA splicing, via transesterification reactions; • mRNA processing; • spliceosomal complex assembly; • RNA localization; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • Сплайсинг РНК;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	24148
	68879
	ENSG00000101161
	ENSMUSG00000002455
	O94906
	Q91YR7
	NM_012469
	NM_133701
	NP_036601
	NP_598462
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PRPF6 (англ. Pre-mRNA processing factor 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 941 амінокислот, а молекулярна маса — 106 925^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNKKKKPFLG	MPAPLGYVPG	LGRGATGFTT	RSDIGPARDA	NDPVDDRHAP
PGKRTVGDQM	KKNQAADDDD	EDLNDTNYDE	FNGYAGSLFS	SGPYEKDDEE
ADAIYAALDK	RMDERRKERR	EQREKEEIEK	YRMERPKIQQ	QFSDLKRKLA
EVTEEEWLSI	PEVGDARNKR	QRNPRYEKLT	PVPDSFFAKH	LQTGENHTSV
DPRQTQFGGL	NTPYPGGLNT	PYPGGMTPGL	MTPGTGELDM	RKIGQARNTL
MDMRLSQVSD	SVSGQTVVDP	KGYLTDLNSM	IPTHGGDIND	IKKARLLLKS
VRETNPHHPP	AWIASARLEE	VTGKLQVARN	LIMKGTEMCP	KSEDVWLEAA
RLQPGDTAKA	VVAQAVRHLP	QSVRIYIRAA	ELETDIRAKK	RVLRKALEHV
PNSVRLWKAA	VELEEPEDAR	IMLSRAVECC	PTSVELWLAL	ARLETYENAR
KVLNKARENI	PTDRHIWITA	AKLEEANGNT	QMVEKIIDRA	ITSLRANGVE
INREQWIQDA	EECDRAGSVA	TCQAVMRAVI	GIGIEEEDRK	HTWMEDADSC
VAHNALECAR	AIYAYALQVF	PSKKSVWLRA	AYFEKNHGTR	ESLEALLQRA
VAHCPKAEVL	WLMGAKSKWL	AGDVPAARSI	LALAFQANPN	SEEIWLAAVK
LESENDEYER	ARRLLAKARS	SAPTARVFMK	SVKLEWVQDN	IRAAQDLCEE
ALRHYEDFPK	LWMMKGQIEE	QKEMMEKARE	AYNQGLKKCP	HSTPLWLLLS
RLEEKIGQLT	RARAILEKSR	LKNPKNPGLW	LESVRLEYRA	GLKNIANTLM
AKALQECPNS	GILWSEAIFL	EARPQRRTKS	VDALKKCEHD	PHVLLAVAKL
FWSQRKITKA	REWFHRTVKI	DSDLGDAWAF	FYKFELQHGT	EEQQEEVRKR
CESAEPRHGE	LWCAVSKDIA	NWQKKIGDIL	RLVAGRIKNT	F

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

Nishikimi A., Mukai J., Kioka N., Yamada M. (1999). A novel mammalian nuclear protein similar to Schizosaccharomyces pombe Prp1p/Zer1p and Saccharomyces cerevisiae Prp6p pre-mRNA splicing factors. Biochim. Biophys. Acta. 1435: 147—152. PMID 10561546 doi:10.1016/S0167-4838(99)00203-4
Makarov E.M., Makarova O.V., Achsel T., Luehrmann R. (2000). The human homologue of the yeast splicing factor Prp6p contains multiple TPR elements and is stably associated with the U5 snRNP via protein-protein interactions. J. Mol. Biol. 298: 567—575. PMID 10788320 doi:10.1006/jmbi.2000.3685
Yuryev A., Ono M., Goff S.A., Macaluso F., Wennogle L.P. (2000). Isoform-specific localization of A-RAF in mitochondria. Mol. Cell. Biol. 20: 4870—4878. PMID 10848612 doi:10.1128/MCB.20.13.4870-4878.2000
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 doi:10.1017/S1355838202021088
Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP. RNA. 12: 1418—1430. PMID 16723661 doi:10.1261/rna.55406